En 1976, elle débute comme photographe free-lance par une collaboration avec le centre Pompidou avant de commencer à réaliser ses premiers reportages pour des magazines français.

En 1983, Libération lui offre la possibilité de photographier le monde du cinéma, de la politique, de la culture et de la mode aussi bien en France qu'à l'étranger. Parallèlement, elle commence un travail personnel sur des sujets aussi différents que l'Afrique, la mode, la Sibérie, le Japon, la Russie ou l'Inde.

En 1987, Prix des Rencontres internationales de la photographie d'Arles. Première rétrospective.
Passionnée par l'Afrique, elle part en 1989 sur les pas de Michel Leiris ce qui lui inspire un premier ouvrage, "Sur les traces de L'Afrique fantôme" paru aux éditions Maeght en 1990. Elle sera lauréate de la Villa Médicis hors les murs pour ce travail.

En 1993, elle est à nouveau lauréate de la villa Médicis hors les murs pour son livre "En route pour Behring" (éditions Maeght), journal de bord d'un voyage solitaire en Sibérie. Ce travail, lui vaut un prix au World PRESS photo cette même année.

En 1994, elle crée la première Biennale de la photographie de Bamako au Mali. Grâce aux liens tissés au cours de son premier séjour en Afrique, Françoise Huguier retourne au Burkina Faso et au Mali pour photographier l'intimité des femmes africaines. De ce travail naîtra Secrètes, édité chez Actes Sud en 1996.

Elle exposera à la Maison européenne de la photo en 1998 "a l'Extrême", travail de plusieurs années dans le Kwazulu-Natal en Afrique du Sud.
Paraît également en 1999 chez le même éditeur un livre intitulé Sublimes, fruit de son travail sur la mode dans les années 80 et 96.

De 2000 à 2007, Françoise séjourne deux mois par an dans les appartements communautaires de Saint-Pétersbourg. De cette immersion dans les restes de la période soviétique elle ramène des photos et un film.
En 2008, Kommunalka fait l'objet d'une exposition aux Rencontres de la photographie d'Arles où elle est l'invitée d'honneur de Christian Lacroix, suivra une publication Kommunalki chez Actes Sud.
La même année Kommunalka - film documentaire long métrage - est présenté par l'ACID au Festival de Cannes. Elle obtient le prix "Anna Politkovskaïa" au 31e Festival international de films de femmes de
Créteil.

En 2004, Françoise retourne pour la première fois au Cambodge 50 ans après l'avoir quitté. Un voyage émouvant sur les traces de son enfance prisonnière des Viêt Minh. Un livre "J'avais huit ans" retrace cette
histoire et paraît chez Actes Sud en 2005.
Suit une exposition aux rencontres photographiques d'Arles.
En résidence d'artiste à Singapour en 2009, elle travaille sur un nouveau projet "classe moyenne dans les HDB" (Housing Development Board) Ces images ont été exposées au Mois de la photographie à Singapour.

En 2010-2011, Françoise Huguier expose une toute nouvelle version de Kommunalka dans le cadre du Mois de la photo au Pavillon Carré de Baudouin. L'exposition partira en mars et pour un mois au Centre culturel d'Alger et en mai à Fotogràfica Bogota 2011.

A coté de son activité d'artiste photographe, elle est sollicitée pour être commissaire d'expositions et de biennales (Biennale de Bamako, le Mois de la photographie à Paris, Biennale de Luang Prabang...).

En 2011, le musée du quai Branly lui confie la direction artistique de PHOTOQUAI 2011, la 3ème biennale des images du monde.
En 2014, rétrospective Françoise HUGUIER à la Maison européenne de la photographie.