Kako Nubukpo est né en 1968 à Lomé (Togo). Il est titulaire d'un doctorat en sciences économiques de l'université Lumière Lyon 2 et lauréat du concours d'agrégation des facultés de sciences économiques du Conseil africain et malgache pour l'enseignement supérieur. Il a été macroéconomiste et chef de service au siège de la Banque centrale des États de l'Afrique de l'Ouest à Dakar, avant de rejoindre le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement à Montpellier et Bamako.

Depuis 2010, il est chef du Pôle "Analyse économique et recherche" de la Commission de l'Union économique et monétaire ouest-africaine (UEMOA) à Ouagadougou. Depuis 2011, il est directeur du Centre Autonome d'Etudes et de Renforcement des Capacités pour le Développement au Togo (CADERDT).

Ses travaux portent sur l'efficacité des politiques macroéconomiques dans l'UEMOA, en particulier sur la politique monétaire, le développement de la filière coton en Afrique, et plus généralement l'impact du risque et de l'incertitude sur les performances des économies africaines.