Créé en 1999 par le Ministère de l'Éducation Nationale, de la Recherche et de la Technologie, au sein de l'École des Hautes Études en Sciences Sociales, l'IISMM met en oeuvre trois missions:
ouvrir un espace de collaborations et d'échanges entre chercheurs spécialisés dans l'étude du monde musulman (axes de recherche, séminaires de recherche, manifestations scientifiques);
diffuser un enseignement et proposer un soutien aux jeunes chercheurs;
contribuer à la diffusion des savoirs scientifiques sur l'islam et le monde musulman, par ses publications, une veille éditoriale, des cycles de conférences ouverts à un large public, des actions de formation à destination de professionnels dans les administrations publiques et les entreprises.
Localisé à Paris, l'Institut s'attache à coordonner ses actions pédagogiques et de recherche avec les autres pôles scientifiques en France et à l'étranger.

Une équipe administrative met en œuvre les missions de l'Institut.
Bernard Heyberger, Directeur
Sabrina Mervin, Co-directrice
Xhensila Lachambre, Administration
Soraya El Alaoui, Bulletin et site
Marie-Hélène Bayle, Formation continue